植物学标本室建于2005年，依托李志军教授主持的国家科技基础条件平台建设子项目“重要野生植物种质资源采集保存技术规范和标准研制及整合共享”（2005DKA21006），新疆生产建设兵团科技支疆专项计划项目“南疆特色植物种质资源保存、评价及综合利用技术研究”（2011AB015）、新疆生产建设兵团科技计划（生物资源专项）“新疆南疆荒漠植物抗逆基因的筛选和评价研究”（2012BB045）及塔里木大学校长基金创新群体研究项目“塔里木盆地野生植物种质资源保存技术体系”（TDZKCX201302）等项目的实施而建。目前保存有南疆环塔里木盆地野生植物资源科属种，20万余份腊叶标本，果实和种子干制标本1400余份，野生植物数字化信息5000余条，野外照片近30000张，并在此基础上建成塔里木盆地野生植物种质资源数据库。