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研究生教育

生物大数据分析公益培训班在塔里木大学成功开设

发布时间:2024-08-23 来源:生科院科研与研究生办公室 点击数:

为响应中西部高等教育振兴计划,推进东部高校对口支援西部高校计划中的实践育人工作,在中国海洋大学前期良好合作基础上,202481417日,由中国海洋大学水产学院和海洋生物多样性与进化研究所共同主办、面向青年科研人员的《生物大数据分析》研究生实践课程首次走塔里木大学。授课团队和学员们经过四天的共同努力,取得了良好的培训效果。该培训班由进化基因组学实验室负责人龙红岸教授牵头组织,得到了华为技术有限公司、翌圣(生物)科技有限公司的大力协助本培训课程最初由教育部-华为技术有限公司-中国海洋大学三方支持的“产学合作协同育人-新工科建设项目(A类)”(2020)立项建设,至今已开设6期,累计培训学员238人。


全体合影


组学技术为生物学提供了很好的工具,但产出的量数据却因分析软硬件技术门槛高,外包服务商良莠不齐,导致数据堆积和缺乏深度个性化分析。授课团队期望为非生息学背景实验室扫清部分技术障碍,与零基础研究生分享针对大数据分析的学习方法与操作技术,结课时可独立进行基本的生物大数据分析和结果解释,修课学生为桥梁,为有需求的实验室引入技术火种,最终推动泛生命学科研究水平的整体提升。

一个人可以走很快,一群没有私心的人才能走远。技术总会过时,但通过分享技术结下的友谊却可以持续一生。授课团队由进化所高性能服务器运维团队、进化基因组学课题组全体师生和本科生志愿者共计10人组成。授课团队在前五期授课基础上,进行了精心的筹备,更新了课程内容,集中研讨了授课形式和全流程资源配置,再加上专业指导和多方赞助支持,延续了之前完整的授课体系。1:3的高师生比也保证了对学员实际操作的及时对接,修课学员还需自学指定的Linux教材且由授课团队成员一对一严格考核掌握程度,最终有25名学员完成全部培训内容并获得水产学院、进化所共同认证的结业证书







授课团队行前准备


培训过程中,学员们热情高涨,操作认真,并结合自身研究方向积极提问,与授课人员及助教有着良好的互动。操作内容涵盖了从科研方法论、虚拟机和服务器的使用与软件安装、测序原理数据预处理、基因组组装注释、基于转录组测序的表达量差异分析、扩增子分析、宏基因组学数据可视化等生物大数据分析基础理论与上手操作。


授课团队、塔里木大学生命科学学院领导班子和优秀学员合影

课程表

教室:塔里木大学新国重室B204

授课团队:中国海洋大学进化基因组学课题组

日期

时间

课次

授课内容

8.14

(周三)

10:30-11:20

1课

课程介绍与互动

11:30-13:30

2课

计算机硬件发展简史

16:00-18:00

3课

虚拟机使用、重测序数据比对等

18:10-20:10

4课

数据库使用、脚本案例实际操作-预热

8.15

(周四)

10:30-13:30

5课

生物大数据的产出与预处理

16:00-18:00

6课

数据可视化-R绘图、系统发育树构建等

18:10-21:10

7课

细菌基因组的组装和注释

8.16

(周五)

10:30-13:30

8课

真核生物基因组的从头组装

16:00-19:30

9课

真核生物基因组的结构与功能注释

19:40-21:10

10课

基于转录组测序的基因差异表达分析

8.17

(周六)

10:30-13:30

11课

扩增子常识与分析

16:00-19:00

12课

宏基因组常识与分析

19:10-19:30

课程总结

课程结业与调查反馈、全体合影、授课团队合影

经过全天候的上手集训,学员们不仅了解了高性能服务器的架构体系及生态环境,也掌握了生物大数据分析相关技能及学习方法,能进行分子、基因组和群落各层次的基本大数据分析,并扩大了自己的科研朋友圈。其中李超、杨果、杨秋红学员表现突出,被评为白金学员,其余同学被评为黄金学员。


为实验室引入技术火种,打造同学心目中的实用型金课是《生物大数据分析》公益培训班开设初衷,也是授课团队将一直秉承的理念。相信未来的《生物大数据分析》将会不断升级,为更多的学员带来掌握上手技能的机会,成为同学们心目中的实用型金课!也希望本培训课程能抛砖引玉,启发更多课程改革,共同推进中国研究生教育质量的持续提升。


证书编号

姓名

导师

学校

LOEG-24-214

韩子凌

王彦芹

塔里木大学

LOEG-24-215

侯亚欣

杨赵平

塔里木大学

LOEG-24-216

菅佳鑫

杨赵平

塔里木大学

LOEG-24-217

刘美琳

韩占江

塔里木大学

LOEG-24-218

刘蕊琪

张晶

塔里木大学

LOEG-24-219

陆忻子墨

金双侠

塔里木大学

LOEG-24-220

聂川鸿

张晶

塔里木大学

LOEG-24-221

石佳荣

龙红岸

中国海洋大学

塔里木大学

LOEG-24-222

宋佳

刘艳萍

塔里木大学

LOEG-24-223

宋双飞

黄文娟

塔里木大学

LOEG-24-224

孙志宾

万传星

塔里木大学

LOEG-24-225

汤驰

格明古丽·木哈台

塔里木大学

LOEG-24-226

汪赛月

刘琴

塔里木大学

LOEG-24-227

王祥媛

刘逸泠

塔里木大学

LOEG-24-228

王业林

夏占峰

塔里木大学

LOEG-24-229

文凤

夏占峰

塔里木大学

LOEG-24-230

徐靖辰

金双侠

塔里木大学

LOEG-24-231

杨晨晨

韩春梅

塔里木大学

LOEG-24-232

杨睿智

李连瑞

塔里木大学

LOEG-24-233

张博阳

陈水红

塔里木大学

LOEG-24-234

周美

张玲

塔里木大学

LOEG-24-235

厉彦浩

刘书东

塔里木大学

LOEG-24-241

李超

王彦芹

塔里木大学

LOEG-24-242

杨果

罗晓霞

塔里木大学

LOEG-24-243

杨秋红

朱丽霞

塔里木大学