为响应中西部高等教育振兴计划,推进东部高校对口支援西部高校计划中的实践育人工作,在与中国海洋大学前期良好合作基础上,2024年8月14至17日,由中国海洋大学水产学院和海洋生物多样性与进化研究所共同主办、面向青年科研人员的《生物大数据分析》研究生实践课程首次走进塔里木大学。授课团队和学员们经过四天的共同努力,取得了良好的培训效果。该培训班由进化基因组学实验室负责人龙红岸教授牵头组织,得到了华为技术有限公司、翌圣(生物)科技有限公司的大力协助。本培训课程最初由教育部-华为技术有限公司-中国海洋大学三方支持的“产学合作协同育人-新工科建设项目(A类)”(2020)立项建设,至今已开设6期,累计培训学员238人。

全体合影
组学技术为生物学提供了很好的工具,但产出的大量数据却因分析软硬件技术门槛高,外包服务商良莠不齐,导致数据堆积和缺乏深度个性化分析。授课团队期望为非生物信息学背景实验室扫清部分技术障碍,与零基础研究生分享针对大数据分析的学习方法与操作技术,结课时可独立进行基本的生物大数据分析和结果解释,以修课学生为桥梁,为有需求的实验室引入技术火种,最终推动泛生命学科研究水平的整体提升。
一个人可以走很快,一群没有私心的人才能走很远。技术总会过时,但通过分享技术结下的友谊却可以持续一生。授课团队由进化所高性能服务器运维团队、进化基因组学课题组全体师生和本科生志愿者共计10人组成。授课团队在前五期的授课基础上,进行了精心的筹备,更新了课程内容,集中研讨了授课形式和全流程资源配置,再加上专业指导和多方赞助支持,延续了之前完整的授课体系。1:3的高师生比也保证了对学员实际操作的及时对接,修课学员还需自学指定的Linux教材且由授课团队成员一对一严格考核掌握程度,最终有25名学员完成全部培训内容并获得水产学院、进化所共同认证的结业证书。

授课团队行前准备
培训过程中,学员们热情高涨,操作认真,并结合自身研究方向积极提问,与授课人员及助教有着良好的互动。操作内容涵盖了从科研方法论、虚拟机和服务器的使用与软件安装、测序原理、数据预处理、基因组组装注释、基于转录组测序的表达量差异分析、扩增子分析、宏基因组学、数据可视化等生物大数据分析基础理论与上手操作。

授课团队、塔里木大学生命科学学院领导班子和优秀学员合影
课程表
教室:塔里木大学新国重室B204
授课团队:中国海洋大学进化基因组学课题组
日期 |
时间 |
课次 |
授课内容 |
8.14 (周三) |
10:30-11:20 |
第1课 |
课程介绍与互动 |
11:30-13:30 |
第2课 |
计算机硬件发展简史 |
16:00-18:00 |
第3课 |
虚拟机使用、重测序数据比对等 |
18:10-20:10 |
第4课 |
数据库使用、脚本案例实际操作-预热 |
8.15 (周四) |
10:30-13:30 |
第5课 |
生物大数据的产出与预处理 |
16:00-18:00 |
第6课 |
数据可视化-R绘图、系统发育树构建等 |
18:10-21:10 |
第7课 |
细菌基因组的组装和注释 |
8.16 (周五) |
10:30-13:30 |
第8课 |
真核生物基因组的从头组装 |
16:00-19:30 |
第9课 |
真核生物基因组的结构与功能注释 |
19:40-21:10 |
第10课 |
基于转录组测序的基因差异表达分析 |
8.17 (周六) |
10:30-13:30 |
第11课 |
扩增子常识与分析 |
16:00-19:00 |
第12课 |
宏基因组常识与分析 |
19:10-19:30 |
课程总结 |
课程结业与调查反馈、全体合影、授课团队合影 |
经过四天全天候的上手集训,学员们不仅了解了高性能服务器的架构体系及生态环境,也掌握了生物大数据分析相关技能及学习方法,能进行分子、基因组和群落各层次的基本大数据分析,并扩大了自己的科研朋友圈。其中李超、杨果、杨秋红三名学员表现突出,被评为白金学员,其余同学被评为黄金学员。
“为实验室引入技术火种,打造同学心目中的实用型金课”是《生物大数据分析》公益培训班的开设初衷,也是授课团队将一直秉承的理念。相信未来的《生物大数据分析》将会不断升级,为更多的学员带来掌握上手技能的机会,成为同学们心目中的实用型金课!也希望本培训课程能抛砖引玉,启发更多课程改革,共同推进中国研究生教育质量的持续提升。
证书编号 |
姓名 |
导师 |
学校 |
LOEG-24-214 |
韩子凌 |
王彦芹 |
塔里木大学 |
LOEG-24-215 |
侯亚欣 |
杨赵平 |
塔里木大学 |
LOEG-24-216 |
菅佳鑫 |
杨赵平 |
塔里木大学 |
LOEG-24-217 |
刘美琳 |
韩占江 |
塔里木大学 |
LOEG-24-218 |
刘蕊琪 |
张晶 |
塔里木大学 |
LOEG-24-219 |
陆忻子墨 |
金双侠 |
塔里木大学 |
LOEG-24-220 |
聂川鸿 |
张晶 |
塔里木大学 |
LOEG-24-221 |
石佳荣 |
龙红岸 |
中国海洋大学 塔里木大学 |
LOEG-24-222 |
宋佳 |
刘艳萍 |
塔里木大学 |
LOEG-24-223 |
宋双飞 |
黄文娟 |
塔里木大学 |
LOEG-24-224 |
孙志宾 |
万传星 |
塔里木大学 |
LOEG-24-225 |
汤驰 |
格明古丽·木哈台 |
塔里木大学 |
LOEG-24-226 |
汪赛月 |
刘琴 |
塔里木大学 |
LOEG-24-227 |
王祥媛 |
刘逸泠 |
塔里木大学 |
LOEG-24-228 |
王业林 |
夏占峰 |
塔里木大学 |
LOEG-24-229 |
文凤 |
夏占峰 |
塔里木大学 |
LOEG-24-230 |
徐靖辰 |
金双侠 |
塔里木大学 |
LOEG-24-231 |
杨晨晨 |
韩春梅 |
塔里木大学 |
LOEG-24-232 |
杨睿智 |
李连瑞 |
塔里木大学 |
LOEG-24-233 |
张博阳 |
陈水红 |
塔里木大学 |
LOEG-24-234 |
周美 |
张玲 |
塔里木大学 |
LOEG-24-235 |
厉彦浩 |
刘书东 |
塔里木大学 |
LOEG-24-241 |
李超 |
王彦芹 |
塔里木大学 |
LOEG-24-242 |
杨果 |
罗晓霞 |
塔里木大学 |
LOEG-24-243 |
杨秋红 |
朱丽霞 |
塔里木大学 |