学科建设是高校的立足之本，强校之路，是高校履行人才培养、科学研究和社会服务三大职能的基本平台。多年来，学院依托地域资源优势，以“环塔里木盆地生物多样性资源”为研究对象，注重特色，突出创新，追踪国际前沿，加快交叉渗透，实施科学研究、队伍建设、人才培养、学位点建设、研究基地建设等多要素捆绑式建设模式，能初步形成以学科建设为龙头，队伍建设为核心，条件建设为保障，统筹兼顾、和谐发展的建设格局。自建院以来，学院坚持以学科内涵发展为主线，以人才队伍建设为基础，不断优化学科结构，凝练学科方向，汇聚人才队伍，构建学科基地，重点学科和科研平台建设取得快速发展。

目前学院拥有生物化学与分子生物学、微生物学、食品科学、化学四个学科，其中生物化学与分子生物学为自治区（兵团）重点学科，微生物学为兵团重点学科，应用化学和农产品加工及贮藏工程为校级重点学科。学院专业底蕴深厚，学科资源优良。已建立了“学士—硕士”的人才培养体系，并正在向“学士—硕士—博士”完整的人才培养体系努力。同时注重教学质量，大力推进教学改革，积极探索高素质创新人才培养模式。2010年生物技术专业成为国家级特色专业。

学院已在原有生物化学与分子生物学硕士点的基础上成功申报生物学一级硕士点，新增食品生物技术、生物资源化学二级硕士点。争取获批食品科学与工程一级硕士点，申报应用化学、药物化学或分析化学硕士点。获批生物化学与分子生物学博士学位点。通过实施重点建设，学科建设快速发展，将微生物学和生物化学及分子生物学建设成为地域特色鲜明，自治区一流、国内有影响的学科。使其真正成为我校学科建设的生长点，并在教学改革和人才培养方面充分发挥示范作用和辐射作用。