塔里木大学陈生熬教授团队在国际知名期刊《Scientific Data》发表了题为《Chromosome-level genome assembly of Triplophysa bombifrons using PacBio HiFi sequencing and Hi-C technologies》的研究论文。该期刊为Nature旗下开放获取期刊，同时为中科院SCI二区期刊，影响因子5.8。王程欣博士为论文第一作者，陈生熬教授为通讯作者。该研究利用PacBio HiFi测序和Hi-C技术，对Triplophysa bombifrons（隆额高原鳅）进行了染色体水平的基因组组装，填补了该物种基因组学研究的空白。

论文在线发表网页截图

研究概述

Triplophysa bombifrons是中国特有的高原鱼类，主要分布于塔里木河水系。由于环境污染和栖息地破坏，该物种的野生种群数量急剧下降，被列入《中国脊椎动物红色名录》中的濒危物种。该研究团队采用PacBio HiFi长读长测序结合高通量染色质构象捕获（Hi-C）技术，成功组装了Triplophysa bombifrons的高质量染色体水平基因组，基因组大小为655.95 Mb，共包含25条染色体，scaffold N50长度达到24.25 Mb。此外，研究通过基因预测和功能注释，鉴定出34,211个蛋白编码基因，其中99%的基因成功注释。

基于K-mer分析方法的Triplophysa bombifrons基因组大小估算结果，

Hi-C互作矩阵热图，展示染色体组装的完整性

研究意义

此次研究构建的Triplophysa bombifrons基因组为保护生物学、功能基因组学和分子育种提供了重要的数据资源，同时也为研究高原鳅属（Triplophysa）物种的系统发育关系及其适应性进化提供了新视角。研究结果不仅有助于深入理解Triplophysa bombifrons的遗传多样性及种群历史，还为其保育和管理策略提供了科学依据。

研究支持

该研究得到了国家重点研发计划（2023YFD2401000）、第三次新疆科学考察项目（2021xjkk0604）、新疆天山英才计划（2023TSYCCX0128）以及兵团科技局项目（2017DB003，2022DB019）的资助。

论文链接：//doi.org/10.1038/s41597-024-04340-7